Я пытаюсь сопоставить строки в файле, содержащем строку, скажемACTGGGTAAACTA, Если я сделаю

grep "ACTGGGTAAACTA" file 

Это дает мне строки, которые имеют точные совпадения. Есть ли способ разрешить определенное количество несоответствий (замен, вставок или удалений)? Например, я ищу последовательности

До 3 разрешенных замен, таких как "AGTGGGTAACCAA" и т. Д.

Вставки / удаления (имеющие частичное совпадение, например «ACTGGGAAAATAAACTA» или «ACTAAACTA»)