Я использую команду, которая:

pyinstaller.exe --icon=test.ico -F --noconsole test.py

Все иконки не меняются на test.ico

Некоторые значки остаются значком по умолчанию (pyinstaller) ...

Зачем?

все иконки сменить ОС -> Windows 7 32bit, Windows 7 64bit (сделать exe файл ОС)

остается значок по умолчанию ОС -> Windows 7 64bit (другой компьютер)