Искал около часа. Я думаю, я бы лучше опубликовать вопрос здесь.

Я упрощаю код. Segfault находится в функцииinitMyStruct.

#include "stdlib.h"

typedef struct {
        int * arr1;
        int * arr2;
} myStruct;

void allocMyStruct (myStruct * a, int num) {
        a = malloc(sizeof(myStruct));
        a->arr1 = malloc(10*sizeof(int));
        a->arr2 = malloc(10*num*sizeof(int));
}
void initMyStruct (myStruct * a, int num) {
        int i;
        for (i = 0; i < 10; i++)     a->arr1[i]  =  0;
        for (i = 0; i < 10*num; i++) a->arr2[i]  = -1;
}
void freeMyStruct (myStruct * a, int num) {
        int i;
        for (i = 0; i < 10; i++)     free(a->arr1);
        for (i = 0; i < 10*num; i++) free(a->arr2);
        free(a);
}
int main (void) {
        int num = 3;
        myStruct * a;
        allocMyStruct (a, num);
        initMyStruct  (a, num);
        freeMyStruct  (a, num);
        return 1;
}