Как можно сделать это с Монго в одном [атомарном] утверждении:

<code>insert mytable set MyUniqueKey = ?, X = ? on duplicate key update Y = ?
</code>

Когда этот оператор выполняется впервые, он установит значение X, но после этого он только обновит значение Y.

Только MyUniqueKey является частью уникального ключа и должен искать дубликаты.