Eu corro por muitos scripts de shell com variáveis em todas as maiúsculas e sempre achei que havia um mal-entendido grave com isso. Meu entendimento é que, por convenção (e talvez por necessidade há muito tempo),variáveis ambientai estão em maiúsculas.

as em ambientes modernos de script como o Bash, sempre preferi a convenção de nomes em minúsculas para variáveis temporárias e maiúscula apenas para variáveis exportadas (ou seja, ambiente). Por exemplo

#!/usr/bin/env bash
year=`date +%Y`
echo "It is $year."
export JAVA_HOME="$HOME/java"

Essa sempre foi minha opinião sobre as coisas. Existem fontes autorizadas que concordam ou discordam dessa abordagem ou é apenas uma questão de estilo?