Comecei a aprender SciPy e estou lutando com os recursos mais básico

Considere o seguinte vetor padrão:

In [6]: W=array([[1],[2]])

In [7]: print W
[[1]
 [2]]

Se eu entendi direito, essa deve ser a representação SciPy de um vetor matemático padrão 2x1, assim:

(1)    
(2)

O produto escalar desse vetor deve ser simplesmente1*1+2*2=5. No entanto, isso não funciona no SciPy:

In [16]: dot(W, W)
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
/home/ingo/<ipython-input-16-961b62a82495> in <module>()
----> 1 dot(W, W)

ValueError: objects are not aligned

Observe que o seguinte funciona. Este deve ser um vetor no formato(1 2) se não me engano.

In [9]: V=array([1,2])

In [10]: print V
[1 2]

In [11]: dot(V, V)
Out[11]: 5

Qual é o meu equívoco? O que estou fazendo de errado