import itertools
ws=[]
subs=[]
set_subs=[]
for i in xrange(int(raw_input())):
    S=raw_input()
    l=len(S)
    subs.append(S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l))

entrada:

2
aab
aac

agora ambossubs[0] esubs[1] me dê o mesmo resultado.

print list(subs[0])
>>>['a','aa','aac','a','ac','c']
print list(subs[1])
>>>['a','aa','aac','a','ac','c']

enquanto quelist(subs[0]) deveria ter ficado['a','aa','aab','a','ab','b']

Eu vagamente entendo porque isso está acontecendo. O que eu faço para fazersubs[0] esubs[1] na verdade diferente.

NOTA: mudando a linha

subs.append(S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l))

com

subs.append([S[i:j+1] for i in xrange(l) for j in xrange(i,l)])

não é uma opção