Eu quero executar um executável AHK e, em seguida, esperar pelo java que o executável encerre seu próprio processo no final de seu script e continue, existe uma função para monitorar se um exe específico está sendo executado ou não? E se estiver aguardando até que pare?

, por exemplo, no AHK, você poderia fazer:

IfExist, Appname, 
{
insert code
}

Eu faria esse projeto usando apenas AHK, mas como o AHK é tão frágil com variáveis e incrementos, não consigo fazê-lo funcionar: é IF e outras instruções corretamente

ou, se possível, como posso fazer o Java parar por um período de tempo

tudo o que realmente estou procurando é um código simples para executar um arquivo .exe e um código fo para esperar que ele não exista