O efeito de emitir uma junção interna é o mesmo que declarar uma junção cruzada com a condição de junção na cláusula WHERE. Percebi que muitas pessoas na minha empresa usam junções cruzadas, onde eu usaria junções internas. Não notei nenhum ganho significativo de desempenho depois de alterar algumas dessas consultas e fiquei imaginando se era apenas uma coincidência ou se o DBMS otimiza esses problemas de forma transparente (MySql no nosso caso). E aqui um exemplo concreto para discussão:

SELECT User.*
FROM User, Address
WHERE User.addressId = Address.id;

SELECT User.*
FROM User
INNER JOIN Address ON (User.addressId = Address.id);