No meu aplicativo Java, preciso obter alguns arquivos e diretório

Esta é a estrutura do programa:

./main.java
./package1/guiclass.java
./package1/resources/resourcesloader.java
./package1/resources/repository/modules/   -> this is the dir I need to get
./package1/resources/repository/SSL-Key/cert.jks    -> this is the file I need to get

guiclass carrega a classe resourceloader que carregará meus recursos (diretório e arquivo

Quanto ao arquivo, tentei

resourcesloader.class.getClass().getResource("repository/SSL-Key/cert.jks").toString()

para obter o caminho real, mas desta forma não funcion

Não tenho idéia de como fazer o diretóri