Estou me perguntando por que não recebo o resultado esperado com este:

String t = "1302248663033   <script language='javascript'>nvieor\ngnroeignrieogi</script>";
t.replaceAll("\n", "");
System.out.println(t);

A saída é:

1302248663033   <script language='javascript'>nvieor
gnroeignrieogi</script>

Então estou me perguntando por que\n Ainda está lá. Alguém sabe? \ N é especial de alguma maneira?

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Então eu estava tendo problemas para combinar o caractere de nova linha com um. em uma expressão regex, sem perceber que se usa para usar a opção DOTALL, então adicionarei o que é necessário fazer aqui para referência futura:

String text = null;
text = FileUtils.readFileToString(inFile);
Pattern p = Pattern.compile("<script language='javascript'>.+?</script>\n", Pattern.DOTALL);
text = p.matcher(text).replaceAll("");
out.write(text);