Estou imaginando quais técnicas você usa para armazenar as credenciais do banco de dados para seu aplicativo. Estou especificamente preocupado com os aplicativos da web em java, mas acho que não há necessidade de limitar as perguntas a iss

Coisas a considerar
Você usa arquivos de propriedades, configurações xml, outra
le está incluído no aplicativo (por exemplo, em um arquivo jar) ou armazenado separadamente no sistema de arquivos em algum luga
A senha é criptografada? Em caso afirmativo, qual esquema de criptografia você usa?