Somehow php quebrou doctype

Criei dois threadsAqu eAqu sobre o Internet Explorer funcionar no modo peculiar e que quebrou o layout. Depois de um pouco de investigação, descobri que de alguma forma o php faz alguma bagunç

or exemplo, se eu executar o código abaixo como página html no servidor Web IE, analisá-lo corretamente. Estou usando CMS pequeno; portanto, se eu dividir o código em três partes, digamos que o rodapé principal do cabeçalho (o CMS os combine), o IE mostrará peculiaridades modo e o layout está quebrado. A saída html do arquivo php é a mesma que a abaix

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
    <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
    <head>
        <meta http-equiv="Content-type" content="text/html; charset=utf-8" />
        <style type="text/css" media="screen">
            body{
                font: 11px Tahoma, Verdana, Arial, sans-serif;
                color: #707070;
                background: #8c2727 url('../img/bgr_red.png') repeat-x;
            }

            a {
                color:#bc2828;
                text-decoration:none;
                font-weight: bold;
                outline: none;
            }


            #wrapper{
                position: relative;
                width: 960px;
                margin: 70px auto;
                background-color: #fff;
                border: 1px solid red;
            }

        </style>
    </head>

    <body>
    <div id="wrapper">
        <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.</p>
    </div>
    </body>
    </html>

Acredito que o problema esteja no CMS. Mas o que poderia quebrar o doctype?

EDIT: Aqui está uma captura de tela do Fiddler

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