Maneira rápida de encontrar a diferença entre duas seqüências de comprimento igual em Perl
Dados pares de cordas como este.
my $s1 = "ACTGGA";
my $s2 = "AGTG-A";
# Note the string can be longer than this.
Gostaria de encontrar posição e caráter em$s1 onde difere com$s2. Nesse caso, a resposta seria:
#String Position 0-based
# First col = Base in S1
# Second col = Base in S2
# Third col = Position in S1 where they differ
C G 1
G - 4
Eu posso conseguir isso facilmente comsubstr(). Mas é terrivelmente lento. Normalmente, preciso comparar milhões desses pares.
Existe uma maneira rápida de conseguir isso?