Se eu olhar as Configurações de pacote / publicação de um aplicativo Web no Visual Studio 2010, há uma opção para "Incluir todas as configurações do IIS conforme definidas no Gerenciador do IIS (usadas apenas para projetos da Web do IIS)"

Estou usando o IIS em vez do VS Dev Server para executar meu aplicativo Web, mas quando implanto o pacote que o Web Deploy cria em um servidor remoto, as configurações do IIS aplicadas ao meu aplicativo remoto do IIS são, no mínimo, desconhecidas e na pior das hipóteses, completamente errado.

Por exemplo, meu IIS local possui 2 diretórios virtuais (imagens, sons). Porém, quando implanto, ele cria 4 diretórios virtuais completamente diferentes (_controltemplates, _layouts, _vti_bin, _wpresources) e, se eu criar manualmente as 2 vdirs corretas no servidor remoto, o Web Deploy as excluirá. De onde diabos o Web Deploy os conseguiu? O Web Deploy também aplicou incorretamente as configurações de autenticação corretas no aplicativo IIS remoto.

Como a configuração "Incluir todas as configurações do IIS conforme definidas no Gerenciador do IIS" não parece selecionar as configurações corretas, eu quero criar um tipo de arquivo de configuração que o Web Deploy usará como parte de seu pacote de implantação. Idealmente, algo que eu possa verificar no controle de origem. Mas não consigo descobrir na documentação como fazer isso. Eu vejo algo sobre parametrização e manifestos, mas não consigo entender direito.