Eu tive problemas ao usarBasemap.contour com certas projeções. Com base no exemplo dadona documentação do mapa base, Criei o seguinte código de trabalho que produz o resultado esperado. O exemplo usa a projeção 'tmerc'.

from mpl_toolkits.basemap import Basemap
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np


m2 = Basemap(projection='tmerc', 
              lat_0=0, lon_0=3,
              llcrnrlon=1.819757266426611, 
              llcrnrlat=41.583851612359275, 
              urcrnrlon=1.841589961763497, 
              urcrnrlat=41.598674173123)
##m2 = Basemap(projection='kav7',lon_0=0)

x = np.linspace(0, m2.urcrnrx, 100)
y = np.linspace(0, m2.urcrnry, 100)
xx, yy = np.meshgrid(x, y)
data = np.sin(xx/100)*np.cos(yy/100)

levels = np.linspace(-1,1,8)
m2.contour(xx, yy, data, levels)

plt.show()

No entanto, se eu mudar para o uso da projeção 'kav7' na alternativam2=Basemap declaração (comentada no código de exemplo), o código falha com o seguinte erro:

Traceback (most recent call last):
  File "basemap_contour.py", line 20, in <module>
    m2.contour(xx, yy, data, levels)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/mpl_toolkits/basemap/__init__.py", line 521, in with_transform
    return plotfunc(self,x,y,data,*args,**kwargs)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/mpl_toolkits/basemap/__init__.py", line 3542, in contour
    xx = x[x.shape[0]/2,:]
IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`), numpy.newaxis (`None`) and integer or boolean arrays are valid indices

Observe que isso também acontece quando eu definolon elat valores 'corretamente', o exemplo foi escolhido apenas para ser o mais curto possível. Alguém sabe como resolver isso?

EDITAR:

Caso isso seja relevante, estou usandopython versão 3.5.3 em umosx Serra máquina. omatplotlib versão é 2.0.0 e obasemap A versão é 1.0.7.