Solução alternativa de aviso de segurança para instalação de certificado?

Eu tenho algum código C # 4.0 que tenta instalar um certificado CA (.der codificado) no repositório "Autoridades de certificação raiz confiáveis" para o usuário atual (Meu). Meu pequeno aplicativo de console é executado silenciosamente em relação a outras lojas, mas para esta loja aparece um pop-up da GUI "Você está prestes a instalar um certificado de uma autoridade de certificação ... O Windows não pode validar se o certificado é realmente de ..... quer instalar este certificado? "

Essa caixa de mensagens é um problema, porque a idéia é implantar automaticamente o aplicativo com um MSI e, silenciosamente, obter os certificados certos no lugar certo. Ter uma caixa modal matará a implantação automatizada.

Como essa instalação pode ser feita sem uma caixa de mensagens com quebra de implantação?

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