¿Solución de seguridad de instalación de certificado?

Tengo un código C # 4.0 que intenta instalar un certificado CA (.der codificado) en el almacén "Autoridades de certificación raíz de confianza" para el usuario actual (Mi). Mi pequeña aplicación de consola se ejecuta silenciosamente en otras tiendas, pero para esta tienda aparece una ventana emergente de GUI "Estás a punto de instalar un certificado de una autoridad de certificación ... Windows no puede validar que el certificado es en realidad ..... ¿Quieres instalar este certificado? "

Este cuadro de mensaje es un problema porque la idea es implementar automáticamente la aplicación con un MSI y obtener en silencio los certificados correctos en el lugar correcto. Tener una caja modal matará la implementación automatizada.

¿Cómo se puede realizar esta instalación sin un cuadro de mensaje que rompe la implementación?

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