caminho de instalação não gravável R, incapaz de atualizar pacotes

Question

Jan 24, 2017, 10:21 PM

caminho de instalação não gravável R, incapaz de atualizar pacotes

Estou tentando instalar o Bioconductor no R, usando o código no site deles. Quando digito o código (veja abaixo), recebo uma mensagem de erro informando que alguns pacotes não podem ser atualizados, o caminho da instalação não é gravável.

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,

sobrevivência

Eu posso instalar esses pacotes acessando packages / install packages.

> utils:::menuInstallPkgs()
trying URL    'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip'
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB)
downloaded 2.6 MB

trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8-  16.zip'
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB

trying URL     'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip'
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB)
downloaded 4.9 MB

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages

Posso então ir para pacotes / carregar pacotes e carregá-los com sucesso, pesquisar e ver se os pacotes estão lá.

> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =   TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'.
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =     TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> search()
[1] ".GlobalEnv"            "package:survival"      "package:mgcv"         
[4] "package:nlme"          "package:Matrix"        "package:BiocInstaller"
[7] "package:stats"         "package:graphics"      "package:grDevices"    
[10] "package:utils"         "package:datasets"      "package:methods"      
[13] "Autoloads"             "package:base"

Mas então, quando vou instalar o biocondutor, a mesma mensagem de erro é que Matrix, mgcv e survival não podem ser atualizados.

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,
  survival

O que posso fazer para atualizar esses pacotes para instalar o biocondutor?