Usei o código da resposta desta pergunta para criar meus botões de opção:Como criar um grupo de botões de opção com o PDFBox 2.0

Depois de criar meu PDF e tentar ler o valor selecionado (programaticamente) dele, esse código funcionou bem:

    PDDocumentCatalog catalog = doc.getDocumentCatalog();
    PDAcroForm form = catalog.getAcroForm();
    List<PDField> fields = form.getFields();

    for(PDField field: fields) {
        Object value = field.getValueAsString();
        String name = field.getFullyQualifiedName();
        if (field instanceof PDRadioButton) {
            // value is correct and field is instance of PDRadioButton works too
        }

    }

Quando abro o PDF no Acrobat Reader DC, faça as alterações e salve-o novamente, pois o código não funciona mais. Não há mais instância de PDRadioButton e o valor é sempre uma sequência vazia.

Quando abro o PDF no Acrobat Touch, ele nem é exibido corretamente.

(Quando abro a versão que foi editada anteriormente pelo Acrobat Reader DC, o Acrobat Touch pode exibi-la corretamente)

Alguma sugestão, o que pode estar errado com o código?

Aqui está um exemplo mínimo que se comporta da mesma maneira:

package test;

import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.List;

import org.apache.pdfbox.cos.COSDictionary;
import org.apache.pdfbox.cos.COSName;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPage;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPageContentStream;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDResources;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.common.PDRectangle;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.font.PDFont;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.font.PDType1Font;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.graphics.color.PDColor;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.graphics.color.PDDeviceRGB;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.annotation.PDAnnotationWidget;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.annotation.PDAppearanceCharacteristicsDictionary;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.form.PDAcroForm;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.form.PDRadioButton;


public class WriterTest {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            PDDocument document = new PDDocument();
            PDPage page = new PDPage(PDRectangle.A4);

            document.addPage(page);

            PDAcroForm acroForm = new PDAcroForm(document);
            acroForm.setNeedAppearances(true);
            acroForm.setXFA(null);
            document.getDocumentCatalog().setAcroForm(acroForm);

            PDFont font = PDType1Font.HELVETICA;

            PDResources res = new PDResources();
            COSName fontName = res.add(font);
       ,     acroForm.setDefaultResources(res);
            acroForm.setDefaultAppearance('/' + fontName.getName() + " 10 Tf 0 g");

            PDPageContentStream contents = new PDPageContentStream(document, page);

            List<String> options = Arrays.asList("a", "b", "c");
            PDRadioButton radioButton = new PDRadioButton(acroForm);
            radioButton.setPartialName("RadioButtonParent");
            radioButton.setExportValues(options);
            radioButton.getCOSObject().setName(COSName.DV, options.get(1));

            List<PDAnnotationWidget> widgets = new ArrayList<>();
            for (int i = 0; i < options.size(); i++) {
                PDRadioButton subRadioButtons = new PDRadioButton(acroForm);
                subRadioButtons.setPartialName("RadioButton");

                PDAppearanceCharacteristicsDictionary fieldAppearance = new PDAppearanceCharacteristicsDictionary(new COSDictionary());
                fieldAppearance.setBorderColour(new PDColor(new float[] { 0, 0, 0 }, PDDeviceRGB.INSTANCE));

                PDAnnotationWidget widget = subRadioButtons.getWidgets().get(0);
                widget.setRectangle(new PDRectangle(30, 811 - i * (21), 16, 16));
                widget.setAppearanceCharacteristics(fieldAppearance);

                widgets.add(widget);
                page.getAnnotations().add(widget);

                contents.beginText();
                contents.setFont(font, 10);
                contents.newLineAtOffset(56, 811 - i * (21) + 4);
                contents.showText(options.get(i));
                contents.endText();
            }
            radioButton.setWidgets(widgets);
            acroForm.getFields().add(radioButton);

            contents.close();
            try (FileOutputStream output = new FileOutputStream("test.pdf")) {
                document.save(output);
            }
            document.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}