Acabei de atualizar para o PhpStorm 2016 e notei que de repente toda vez que pressionavaCtrl + S para salvar o arquivo, ele remove os espaços / guias que pressionei para continuar escrevendo depois de testar esse pedaço de código.

Por favor, ajude, isso é muito chato para mim, pois eu salvo meu arquivo após cada linha de código.

Aqui está uma captura de tela quando estou prestes a salvar, então depois de clicarCtrl + S o cursor de texto se moverá para a esquerda, excluindo todos os espaços e guias.