O NetBeans salva o código incorretamente (tudo em uma linha com quadrados onde as quebras de linha devem estar)

Problema 1

Eu tenho usado o NetBeans na minha máquina de trabalho para desenvolver um site PHP. O problema que tenho é que, usando o netbeans, no próprio aplicativo, todas as outras linhas são em branco. Mesmo abrir um documento formatado corretamente causará esse problema. Por exemplo.:

Codificado usando o bloco de notas:

<p>Teste para com
apenas uma quebra de linha padrão
e apenas mais alguns
mostre o que eu quero dizer</p>

Quando exibido no NetBeans, é exibido como:

<p>Teste para com

apenas uma quebra de linha padrão

e apenas mais alguns

mostre o que eu quero dizer</p>

Edição 2

O principal problema que tenho é que todos os arquivos salvos são salvos em uma única linha (comprovada quando aberta no bloco de notas). Isso me causa um problema ao fazer o upload, pois ele lê os arquivos PHP em uma única linha; portanto, o primeiro comentário fará com que o restante do documento seja recomendado:

<?php[]include('lib/config.php');[][]$query = "SELECT * FROM......"[][]// This comment now comments out the rest of the document>

O [] representa as caixas quadradas mostradas no arquivo do bloco de notas.

Eu tentei todas as configurações de formatação no NetBeans para PHP, mas não consigo resolvê-lo.

obrigado

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