Sinto muito se isso é uma duplicata, pesquisei no Google e no SO e não consegui encontrar nada semelhante, pois é um conjunto de palavras bastante genérico para pesquisar!

O que eu quero é que o diretório .git esteja fora da árvore de trabalho.

Preciso fazer isso porque é um repositório 'furtivo' git dentro de um projeto usando outro software de controle de versão e, infelizmente, a maneira como ele é configurado é com vários projetos (que eu quero que cada um seja um repositório git) dentro de um diretório raiz, e com scripts de construção que gostam de limpar arquivos dos diretórios do projeto. Até agora, eu estive versionando o diretório raiz e ignorando todos os outros diretórios do projeto, então um dos projetos foi versionado, mas agora quero versão outro projeto e claramente não posso ter vários repositórios git no diretório raiz (ou posso ? Essa seria uma boa resposta alternativa). Colocar os diretórios .git em outro lugar no disco seria uma boa solução, se possível.