Estou tentando somar +1 a algumas células específicas de uma matriz numpy, mas não consigo encontrar nenhuma maneira sem loops lentos:

coords = np.array([[1,2],[1,2],[1,2],[0,0]])
X      = np.zeros((3,3))

for i,j in coords:
  X[i,j] +=1 

Resultando em:

X = [[ 1.  0.  0.]
     [ 0.  0.  3.]
     [ 0.  0.  0.]]

X[coords[:,0],coords[:,1] += 1 retorna

X = [[ 1.  0.  0.]
     [ 0.  0.  1.]
     [ 0.  0.  0.]]

Qualquer ajuda?