Como enviar entrada do usuário para o aplicativo cmd e recuperar o resultado da saída?

Eu desenho o arquivo ".html" que recebe as entradas do usuário e retorna algumas saídas.

As entradas são Sequência de consulta e Nome do banco de dados.

Quero colocar a sequência de consulta em um arquivo txt e executar o programa local "cmd application" pelo tipo:

blastn -query querySequence.txt -db databaseName -out outputFile.txt

Apresente o arquivo de saída ao usuário.

Estou usando o Windows 7. Acho que o perl é uma solução, mas não sabia nada sobre o perl e como ele está funcionando!

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