¿Cómo enviar la entrada del usuario a la aplicación cmd y recuperar el resultado de salida?

Diseño un archivo ".html" que toma entradas del usuario y devuelve algunas salidas.

Las entradas son Secuencia de consulta y Nombre de la base de datos.

Quiero poner la secuencia de consulta en un archivo txt y ejecutar el programa local "aplicación cmd" por tipo:

blastn -query querySequence.txt -db databaseName -out outputFile.txt

Luego, presente el archivo de salida al usuario.

Estoy usando Windows 7. ¡Creo que Perl es una solución, pero no sabía nada sobre Perl y cómo funciona!

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