Existe uma maneira de aplicarbincount com "eixo = 1"? O resultado desejado seria o mesmo que a compreensão da lista:

import numpy as np
A = np.array([[1,0],[0,0]])
np.array([np.bincount(r,minlength = np.max(A) + 1) for r in A])

#array([[1,1]
#       [2,0]])