Isso deve ser simples e provavelmente estou apenas sendo tolo, mas ... preciso mesclar dois quadros de dados pelos nomes de linha de df1 e uma coluna em df2, ou seja,

df1<-data.frame(x=1:3,y=4:6) 
rownames(df1)<-c("a","b","c")
df1
  x y
a 1 4
b 2 5
c 3 6

df2<-data.frame(site=c("a","b"),p=5:6,q=10:11)
df2
  site p  q
     a 5 10
     b 6 11

A mesclagem deve produzir:

df3<-data.frame(site=c("a","b"),p=5:6,q=10:11,x=1:2,y=4:5)
df3
  site p  q x y
     a 5 10 1 4
     b 6 11 2 5

eu tentei

merge(df1,df2,by.x=row.names(df1),by.y=df2$site) 

mas pegue o erro

Erro em fix.by (by.x, x): 'por' deve especificar coluna (s) unicamente válida (s)

O que estou fazendo de errado?