Quando eu crio o seguinte gráfico, recebo espaço indesejado entre a área de plotagem e o eixo (ou seja, o espaço em branco entre a caixa azul e o eixo x. Como posso remover esse espaço e deixar a área de plotagem nivelada com os eixos da plotagem? Obrigado.

xleft<-c(1,2,2.5)
xright<-c(2,2.5,2.75)
ybottom<-c(1,2,2.5)
ytop<-c(2,2.5,2.75)

par(mar = c(15,15,2.75,2.75) + 0.1)
plot(c(1,2.75),c(1,2.75),type="n",main="title",xlab="site.x",ylab="ylab")
rect(xleft,ybottom,xright,ytop,col=c("blue","red","green"))

#Label position along  axes
x.label.position<-(xleft+xright)/2
y.label.position<-(ybottom+ytop)/2

 #Labels
 x.label<-c("Long species Name1","Long species Name2","Long species Name3")
 y.label<-c("Long species Name4","Long species Name5","Long species Name5")

 text(par()$usr[1]-0.5,y.label.position,y.label,xpd=TRUE,adj=1)
 text(y=par()$usr[3]-0.5,x=x.label.position,x.label,xpd=TRUE,adj=1,srt=90)

 par(xpd=TRUE)
 legend(-0.1,0,legend=c("Species A","Species B","Species C"),fill=c("blue", "red", "green"))

ATUALIZAÇÃO Tentei a sugestão de plannapus com meus dados reais, mas só consigo fazer com que o eixo y se comporte. Há mais alguma coisa nesse pedaço de código que está adicionando espaço aos lados da área de plotagem?

quartz("colour.plot")
par(mar=c(15,15,4,2)+0.1)#sets margins of plotting area

#create the data plot
    plot(c(0,100), c(0,100), type = "n", main = paste(x,"vs",y," -",depth),xlab=paste("Species composition in remainder ",x),ylab=paste("Species composition in remainder ",y),asp=1,xaxs="i",yaxs="i")

#Add the rectangles
rect(mdf$xleft,mdf$ybottom,mdf$xright,mdf$ytop,col=mdf$colour)

produz