Eu usei muito a agregação no mongo, conheço os benefícios de desempenho nas contagens agrupadas e etc. Mas, o mongo tem alguma diferença de desempenho nessas duas maneiras de contar todos os documentos em uma coleção ?:

collection.aggregate([
  {
    $match: {}
  },{
    $group: {
      _id: null, 
      count: {$sum: 1}
    }
}]);

e

collection.find({}).count()

Atualizar: Segundo caso: digamos que temos esses dados de amostra:

{_id: 1, type: 'one', value: true}
{_id: 2, type: 'two', value: false}
{_id: 4, type: 'five', value: false}

Comaggregate():

var _ids = ['id1', 'id2', 'id3'];
var counted = Collections.mail.aggregate([
  {
    '$match': {
      _id: {
        '$in': _ids
      },
      value: false
    }
  }, {
    '$group': {
      _id: "$type",
      count: {
        '$sum': 1
      }
    }
  }
]);

Comcount():

var counted = {};
var type = 'two';
for (i = 0, len = _ids.length; i < len; i++) {
  counted[_ids[i]] = Collections.mail.find({
    _id: _ids[i], value: false, type: type
  }).count();
}