Isso funciona bem

library(dplyr)
library(ggvis)

years <- as.factor(c(2013,2013,2014,2014,2015,2015))
months <- c(1,2,1,2,1,2)
values <- c(3,2,4,6,5,1)

df <- data.frame(years,months,values)


df %>% 
  group_by(years) %>% 
  ggvis(~months, ~values) %>% 
  layer_points( fill = ~years)

No entanto, quando adiciono uma dica de ferramenta, todos os pontos aparecem momentaneamente, mas apenas os valores de 2015 permanecem

 df <- cbind(df, id = seq_len(nrow(df))) 

all_values <- function(x) {
  if(is.null(x)) return(NULL)
  row <- df[df$id == x$id,]
  paste0(names(row),": ",format(row), collapse = "<br />")
}

df %>% 
  group_by(years) %>% 
  ggvis(~months, ~values, key:= ~id) %>% 
  layer_points( fill = ~years) %>%
  add_tooltip(all_values, "hover") 

Provavelmente algum erro simples, mas qualquer ajuda apreciou aplausos