Gostaria de alterar a cor do plano de fundo e a cor do texto programaticamente em documentos PDF, para que sejam mais agradáveis de ler à noite (mais ou menos como no Adobe Reader:Editar -> Preferências -> Acessibilidade -> Substituir cores do documento)

Existe alguma boa ferramenta de linha de comando ou API para Windows que possa fazer isso?

Até agora não encontrei nenhum. Tudo bem se precisar salvar o PDF recém-colorido em um novo arquivo.