Я хотел бы изменить цвет фона и цвет текста программно в документах PDF, чтобы их было удобнее читать ночью (как в Adobe Reader:Правка -> Настройки -> Специальные возможности -> Заменить цвета документа).

Есть ли хороший инструмент командной строки или API для Windows, который может сделать это?

Пока я не нашел ни одного. Ничего страшного, если нужно сохранить новый цветной PDF в новый файл.