É errado usar métodos ou classes reprovados em Java?

Estou usando o eclipse para desenvolver um aplicativo da web. Ainda hoje, atualizei minha versão do struts alterando o arquivo JAR. Estou recebendo avisos em alguns lugares de que os métodos estão obsoletos, mas o código está funcionando bem.

Eu quero saber algumas coisas

É errado usar métodos ou classes reprovados em Java?

E se eu não alterar nenhum método e executar meu aplicativo com os avisos que tenho, isso criará algum problema de desempenho.

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