A execução dos seguintes comandos no R no Mac ou Linux produz o resultado esperado, que é a letra grega beta:

gsub("<U\\+[0-9A-F]{4}>", "\u03B2", "<U+03B2>")

"\u03B2"

No entanto, executar o primeiro comando no Windows produz o resultado errado, mas o segundo fornece a saída beta correta. Eu tentei três versões do R no Windows (3.0.2, 3.1.1 e 3.1.2). Todos eles imprimiram consistentemente o resultado "errado". (Não é possível postar a saída, pois não tenho acesso ao Windows agora.)

Além disso, é possível converter unicodes do formato <U + FFFF> (ignore o espaço, pois sem ele o site não exibe nada) para "\ uFFFF" usando o gsub?

Muito obrigado.

ATUALIZAR:

Roubando a solução de MrFlick, cortei a seguinte solução feia no caso de haver vários Unicodes em uma frase. No entanto, a correção é realmente feia, portanto, fique à vontade para postar melhorias.

test.string <- "This is a <U+03B1> <U+03B2> <U+03B2> <U+03B3> test <U+03B4> string."

trueunicode.hack <- function(string){
    m <- gregexpr("<U\\+[0-9A-F]{4}>", string)
    if(-1==m[[1]][1])
        return(string)

    codes <- unlist(regmatches(string, m))
    replacements <- codes
    N <- length(codes)
    for(i in 1:N){
        replacements[i] <- intToUtf8(strtoi(paste0("0x", substring(codes[i], 4, 7))))
    }

    # if the string doesn't start with a unicode, the copy its initial part
    # until first occurrence of unicode
    if(1!=m[[1]][1]){
        y <- substring(string, 1, m[[1]][1]-1)
        y <- paste0(y, replacements[1])
    }else{
        y <- replacements[1]
    }

    # if more than 1 unicodes in the string
    if(1<N){
        for(i in 2:N){
            s <- gsub("<U\\+[0-9A-F]{4}>", replacements[i], 
                      substring(string, m[[1]][i-1]+8, m[[1]][i]+7))
            Encoding(s) <- "UTF-8"
            y <- paste0(y, s)
        }
    }

    # get the trailing contents, if any
    if( nchar(string)>(m[[1]][N]+8) )
        y <- paste0( y, substring(string, m[[1]][N]+8, nchar(string)) )
    y
}

test.string
trueunicode.hack(test.string)

Resultados:

"This is a <U+03B1> <U+03B2> <U+03B2> <U+03B3> test <U+03B4> string."
"This is a α β β γ test δ string."