Encontrei esse problema e não havia uma explicação clara sobre como solucionar esse bug.

A versão mais recente do R (v. 3.1.2) para OS X Mavericks congela no Yosemite sempre que tento salvar um arquivo gravado usando o editor interno de R. Também congela quando você tentasource uma função.

Editar: Era para ser uma pergunta auto-respondida, mas encontrei uma resposta melhor e marquei-a como a resposta.