Como atualizar o pacote do instalador WIX bootstrapper via MSI e vice-versa?

A situação:

Eu tenho um instalador de bootstrapper baseado em WIX, que instala meu pacote msi e (alguns) pré-requisitos (.NET). O instalador é .exe e funciona bem.

Agora, alguns clientes desejam instalar o msi, especialmente em ambientes corporativos, onde eles podem fazer o push centralmente.

Parece fácil, apenas dê a eles o msi. Mais uma vez, funciona bem.

Agora, a parte problemática.

Quando o aplicativo é instalado a partir do MSI e, posteriormente, atualizado para a versão mais recente do instalador .exe, haverá duas entradas ARP. E vice-versa - quando o aplicativo é instalado a partir de .exe e posteriormente atualizado a partir do MSI, haverá entradas ARP duplas novamente.

Existe alguma solução fácil / padrão?

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