Existe alguma ferramenta / biblioteca para alinhar seqüências dearbitrariamente grande alfabetos?

Quase todas as ferramentas de alinhamento de seqüências do mercado estão focadas em seqüências biológicas (nucleotídeos ou peptídeos). No meu caso, no entanto, as seqüências são compostas de centenas de elementos distintos e não podem ser codificadas como strings ASCII. Então, eu preciso de uma ferramenta ou biblioteca que possa alinhar, simplesmente, duas (ou mais) matrizes inteiras.