Eu sou o objeto init Document assim:

DocumentBuilderFactory docFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
DocumentBuilder docBuilder = docFactory.newDocumentBuilder();
Document doc = docBuilder.newDocument();

Depois disso, estou construindo um arquivo XML inserindo dados no objeto doc.

Por fim, estou escrevendo o conteúdo em um arquivo no meu computador.

Minha pergunta é como escrever o conteúdo do documento em umbyte[]*

É assim que escrevo o conteúdo para o arquivo XML:

TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();
Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();
DOMSource source = new DOMSource(doc);
StreamResult result = new StreamResult(new File("changeOut.xml"));
// Output to console for testing
// StreamResult result = new StreamResult(System.out);
transformer.transform(source, result);