Eu tenho um arquivo RMarkdown que eu uso para gerar um bom relatório HTML. O problema é que eu quero poder automatizá-lo para que ele possa ser executado em um servidor sem cabeça. Como tal, não haverá ninguém lá para iniciar o Rstudio e pressionar o botão 'knithtml' e parece que o Rstudio está fazendo MUITA magia adicional, como ter sua própria versão do pandoc, executando todos os comandos necessários, aplicando estilos css etc.

Como posso pegar esse relatório e gerar a mesma coisa que o Rstudio está gerando quando pressiono o botão 'knithtml', mas executando apenas um script R?

Obrigado.