Não encontrei nenhuma opção para isso, então suspeito que algumas visualizações sigam o padrão de cores do sistema operacional. Atualmente, estou usando o OS X, e parece que alterar a cor de fundo padrão também não é possível.

O que estou tentando realizar é criar um tema de plano de fundo escuro, mas a personalização parece possível apenas em algumas das visualizações do eclipse.