Eu tenho essa estrutura na minha aplicação:

|-App
|
|-functions
|
|-ui
|--ui.py
|    
|images
|
|main.py

Eu tenho uma pasta de funções com alguns scripts e uma pasta ui com o código gerado PyQt no arquivo ui.py.

e um arquivo main.py que carrega o ui.py para mostrar a interface e o ui.py carrega algumas imagens da pasta "images" na raiz.

se eu executar meu script diretamente no python (clic duplo no arquivo main.py), as imagens não serão exibidas ..

Mas se eu usar o terminal com "python main.py", as imagens serão exibidas corretamente.

As referências em ui.py são como:

icon.addPixmap(QtGui.QPixmap(_fromUtf8("images/flags/MXN.png"))