Estou tendo problemas para gerar\label{} para plotagens ao usar o knitr para ir de um*.Rmd arquivo para um*.md arquivo viaknitr; e depois convertendo para*.pdf através dapandoc.

Um MWE para o meu*.Rmdestá incluído abaixo:

```{r Setup, include=FALSE, results="hide", warning=FALSE}
opts_chunk$set(dev="cairo_pdf", fig.lp="fig:", echo=FALSE, results="hide", 
               message=FALSE, warning=FALSE)
```

```{r mwe-plot, fig.cap = "MWE plot."}
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl))) +
  geom_bar() 
```

Eu tricô:

knit("mwe.Rmd") 

Então eu uso o pandoc

pandoc -o mwe.pdf mwe.md 

Eu deveria ser capaz de fazer referência cruzada ao gráfico comFigure \ref{fig:mwe-plot} no meu*.Rmd fonte. Mas parece que o\label{fig:mwe-plot} não foi criado emmwe.tex se eu correr:

pandoc -o mwe.pdf mwe.md

Obrigado!