Eu fiquei preso e realmente não sei como resolvê-lo. Eu tenho duas matrizes multidimensionais e preciso corresponder cada "entry_id" da segunda matriz à primeira. Em seguida, é necessário verificar se todos os "file_no" da segunda matriz estão no banco de dados (primeira matriz) e o "status" corresponde à 1ª matriz. Se "status" for diferente, atualize a segunda matriz com uma string (por exemplo, valor atualizado) como este:

...
[status] => Array
                    (
                        [0] => abc
                        [1] => defghijk - "updated value"
                    )    

Então, eu tenho a primeira matriz do banco de dados:

Array
(
    [0] => Array
        (
            [entry_id] => 1
            [file_no] => KSBR 40 INS 3674 / 2014
            [status] => abc
        )

    [1] => Array
        (
            [entry_id] => 9
            [file_no] => KSUL 77 INS 18898 / 2013
            [status] => abc
        )

    [2] => Array
        (
            [entry_id] => 9
            [file_no] => KSUL 77 INS 21218 / 2013
            [status] => defg
        )

)

E a segunda matriz gerada a partir do script:

Array
(
    [0] => Array
        (
            [entry_id] => 1
            [id] => 500910/098
            [fullname] => Milan Vrtal
            [type] => person
            [file_no] => Array
                (
                    [0] => KSBR 26 INS 37146 / 2013
                    [1] => KSBR 40 INS 3674 / 2014
                )

            [status] => Array
                (
                    [0] => status1
                    [1] => status2
                )    
        )

    [1] => Array
        (
            [entry_id] => 2
            [id] => 46900217
            [fullname] => ENTEC a.s.
            [type] => company
            [file_no] => Array
                (
                    [0] => KSBR 28 INS 1232 / 2013
                )

            [status] => Array
                (
                    [0] => qwer
                )
        )

    [2] => Array
        (
            [entry_id] => 9
            [fullname] => Blanka Kořínková
            [type] => person
            [file_no] => Array
                (
                    [0] => KSUL 77 INS 18898 / 2013
                    [1] => KSUL 77 INS 21218 / 2013
                )

            [status] => Array
                (
                    [0] => abc
                    [1] => defghijk
                )    
        )
)

Obrigado por todos os comentários e desculpe pelo inglês :)