Configuração do CakePHP .htaccess mod_rewrite para excluir uma pasta / url específica

Eu tenho uma instalação do CakePHP em uma subpasta do meu servidor, quero instalar outro aplicativo dentro dessa subpasta:

root/public_html/subfolder/cake/
root/public_html/subfolder/app/

etc agora eu preciso de um aplicativo personalizado instalado lá:

root/public_html/subfolder/my_custom_application/

Eu tenho algo parecido com isto no meu .htaccess:

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

Como posso configurá-lo para excluir a pasta "my_custom_application" dessas regras?

Eu tentei isso:

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    ((?!my_custom_application).*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

Mas eu entendo isso:

Error:  The requested address '/y_custom_application' was not found on this server.

Desde já, obrigado.

Mauricio.

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