Tengo una instalación de CakePHP en una subcarpeta en mi servidor, quiero instalar otra aplicación dentro de esa subcarpeta:

root/public_html/subfolder/cake/
root/public_html/subfolder/app/

etc. ahora necesito una aplicación personalizada instalada allí:

root/public_html/subfolder/my_custom_application/

Tengo algo como esto en mi .htaccess:

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

¿Cómo puedo configurarlo para excluir la carpeta "my_custom_application" de esas reglas?

Intenté esto:

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    ((?!my_custom_application).*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

Pero entiendo esto:

Error:  The requested address '/y_custom_application' was not found on this server.

Gracias por adelantado.

Mauricio