Estou tentando agrupar o aplicativo com o mono 3.2.3 em um executável autônomo. Para fazer isso, eu estou seguindoesta orientação. Depois de declarar variáveis:

mono_version="3.2.3"
export MONO=/cygdrive/c/progra~2/Mono-$mono_version
machineconfig=$PROGRAMFILES\\Mono-$mono_version\\etc\\mono\\4.5\\machine.config
export PATH=$PATH:$MONO/bin
export PKG_CONFIG_PATH=$MONO/lib/pkgconfig
export CC="i686-pc-mingw32-gcc -U _WIN32"

O comando mkbundle --deps não pode localizar montagens referenciadas:

Unhandled Exception:
System.IO.FileNotFoundException: Could not load file or assembly 'gtk-sharp' or 
one of its dependencies. The system cannot find the file specified.
File name: 'gtk-sharp'

executando exatamente a mesma operação com o mono 2.10.9:

mono_version="2.10.9"
export MONO=/cygdrive/c/progra~2/Mono-$mono_version
machineconfig=$PROGRAMFILES\\Mono-$mono_version\\etc\\mono\\4.0\\machine.config
export PATH=$PATH:$MONO/bin
export PKG_CONFIG_PATH=$MONO/lib/pkgconfig
export CC="i686-pc-mingw32-gcc -U _WIN32"

mkbundle --deps --machine-config "$machineconfig" -c UI.exe

dá resultado positivo:

OS is: Windows
WARNING:
  Check that the machine.config file you are bundling
  doesn't contain sensitive information specific to this machine.
Sources: 3 Auto-dependencies: True
   embedding: C:\users\piotr\desktop\authoringtool\UI\bin\debug\UI.exe
 config from: C:\users\piotr\desktop\authoringtool\UI\bin\debug\UI.exe.config
   embedding: C:\PROGRA~2\MONO-2~1.9\lib\mono\gac\gtk-sharp\2.12.0.0__35e10195dab3c99f\gtk-sharp.dll
   embedding: C:\PROGRA~2\MONO-2~1.9\lib\mono\gac\glib-sharp\2.12.0.0__35e10195dab3c99f\glib-sharp.dll
   .
   .
   .
   embedding: C:\PROGRA~2\MONO-2~1.9\lib\mono\4.0\Mono.Posix.dll
Machine config from: C:\Program Files (x86)\Mono-2.10.9\etc\mono\4.0\machine.config
Compiling:
as -o temp.o temp.s

Alguém sabe o motivo de tal comportamento? Estou usando a versão de 64 bits do Windows 7 e o Cygwin que encontrei no site oficial. O código foi compilado e testado no Xamarin Studio 4.2 e Visual Studio 2010.