Tomando uma dica de outro segmento (@ Resposta de EnricoGiampieri paragráficos de distribuição cumulativa python), Eu escrevi:

# plot cumulative density function of nearest nbr distances
# evaluate the histogram
values, base = np.histogram(nearest, bins=20, density=1)
#evaluate the cumulative
cumulative = np.cumsum(values)
# plot the cumulative function
plt.plot(base[:-1], cumulative, label='data')

Coloquei na densidade = 1 da documentação em np.histogram, que diz:

"Observe que a soma dos valores do histograma não será igual a 1, a menos que sejam escolhidos compartimentos de largura da unidade; não é uma função de massa de probabilidade".

Bem, de fato, quando plotados, eles não somam 1. Mas eu não entendo as "caixas da largura da unidade". Quando defino os compartimentos para 1, é claro, recebo um gráfico vazio; quando eu as configuro para o tamanho da população, não recebo uma soma como 1 (mais como 0,2). Quando eu uso as 40 caixas sugeridas, elas somam cerca de 0,006.

Alguém pode me dar alguma orientação? Obrigado!