Importações HTML fazem parte doComponentes da Web especificação e fornecer uma maneira de lidar com dependências na Web. Os módulos ES6 também fazem a mesma coisa, mas apenas para o código Javascript.

Existe alguma clareza sobre como esses dois trabalharão juntos?

Edit: Um exemplo: Em um projeto recente, eu tinha dois componentes Javascript (arquivos), um dos quais dependia do outro, mas qualquer código HTML (que é outro componente) poderia usar qualquer um deles. Portanto, quando incluí o script dependente no meu HTML, também não queria incluir o script pai (evitando o tratamento manual de dependências). Parece não haver uma maneira bem definida de fazer isso, além de misturar os módulos ES6 com as inclusões de script. A única opção que vejo é manter um arquivo separado para cada componente, com os arquivos e dependências necessários especificados, como o component.io.