Importaciones HTML son parte de laComponentes web Especificación y proporcionar una forma de manejar dependencias en la web. Los módulos ES6 también hacen lo mismo, pero solo para el código Javascript.

¿Hay alguna claridad sobre cómo estos dos trabajarán juntos?

Edición: Un ejemplo: En un proyecto reciente mío, tenía dos componentes de Javascript (archivos) uno de los cuales dependía del otro, pero cualquier código HTML (que es otro componente) podría usar cualquiera de ellos. Así que cuando incluí el script dependiente en mi HTML, no quise incluir el script principal (evitando el manejo manual de dependencias). Parece que no hay una forma bien definida de hacerlo, aparte de mezclar los módulos ES6 con los scripts incluidos. La única opción que veo es mantener un archivo separado para cada componente, con los archivos requeridos y las dependencias especificadas, como por ejemplo component.io.